Chuck vede Shaw in metropolitana a Los Angeles. La squadra si mette quindi al lavoro per scoprire dove stava andando e che cosa stava facendo. Seguendo le tracce, scoprono che è entrato in un edificio attraverso la metropolitana, che sembra appartenere alla CIA. Viene rivelato che questo edificio è proprio della CIA ed è il medesimo posto in cui Ellie si incontra con Justin per parlare del padre di lei. Il team Bartowski irrompe quindi nella base CIA proprio durante un incontro in cui il Generale Beckman sta testimoniando sull'affidabilità di Chuck. Ellie viene così a sapere della vita Chuck e Sarah, come spie. Si scopre anche che l'Anello ha preso il controllo di CIA e NSA, per questo il generale Beckman viene arrestata. Casey rivela in seguito chi è veramente a sua figlia Alex. Dopo aver dato a Chuck il dispositivo per controllare l'Intersect, Stephen viene assassinato da Shaw. Shaw quindi si impossessa del dispositivo e cattura Chuck, insieme a Sarah e Casey. A Morgan e Devon viene quindi comunicato da Beckman che sono l'unica possibilità per salvare la squadra Bartowski.